Tratamiento con fluoruro tópico generalmente se realiza después de realizar una  profiláxis o limpieza. En general, el fluoruro tópico tiene capacidad de absorber  y ayudar a reforzar la superficie de los dientes durante aproximadamente 30 minutos después de la aplicación. Por esta razón, se recomienda a los pacientes que no coman, beban o enjuaguen durante treinta minutos después de la aplicación de flúor.

Cuando el riesgo de la caries es mayor, o para los dientes especialmente sensibles, una alta concentración de barniz de flúor se utiliza en lugar del tratamiento de fluoruro tópico convencional. En este caso, a los pacientes se les aconseja no volver a comer, beber ni enjuagarse durante cuatro horas, después solo debe tomar líquidos y sopa colada; además no debe cepillarse ese día después de la aplicación del barniz de flúor.